Stichting Signum handelt in overeenstemming met de Governancecode Funderend Onderwijs. De stichting wordt bestuurd door een college van bestuur (CvB), bestaande uit twee leden. Het CvB legt verantwoording af aan de raad van toezicht (RvT). Hiermee is de vereiste scheiding tussen bestuur en toezicht (two-tier board model) geborgd.

Het CvB fungeert als bevoegd gezag en is verantwoordelijk voor het realiseren van de doelstellingen van de stichting. De medewerkers van het stafbureau ondersteunen het CvB hierbij. De dagelijkse leiding van de scholen is in handen van de schooldirecteuren, die hierover verantwoording afleggen aan het CvB.

De taken, bevoegdheden en verantwoordelijkheden van de functionarissen zijn vastgelegd in de statuten, het managementstatuut, de procuratieregeling en de reglementen van het CvB en de RvT.